在認知革命前，所有人類物種都只住在亞非大陸上。確實，他們也曾靠游泳、或是紮些簡單的木筏，抵達少數的鄰近島嶼。像是弗洛瑞斯島，早在八十五萬年前便已有人居住。但當時他們還沒辦法冒險前往遠洋，沒人到過美洲或澳洲，也沒人到過像是日本、臺灣、馬達加斯加、紐西蘭和夏威夷之類較遠的島嶼。
海洋所阻絕的不只是人類，還有許多亞非大陸上的動植物，都到不了這個「外面的世界」。因此，在像是澳洲和馬達加斯加這些遠方的大陸和島嶼上，該地的生物獨自演化了數百萬年，於是無論外形和天性，都和牠們的亞非遠親相當不同。相當長的一段時間，地球可分為幾個不同的生態系，各由獨特的動植物組成。但這種情形即將因為智人而畫下句點。
在認知革命之後，智人得到新的技術、組織能力、甚至是眼界，能夠走出亞非大陸，前往外面的世界。他們的第一項重大成就，就是在大約四萬五千年前殖民澳洲。為了解釋這件事，可是讓專家學者煞費苦心。因為若要到達澳洲，人類得跨過許多海峽，有些寬度超過一百公里，而且抵達之後，他們還得幾乎立刻適應當地的生態環境。
最合理的理論認為，大約四萬五千年前住在印尼群島的智人，發展出了第一個能夠航海的人類社會（印尼群島由亞洲大陸向外延伸，每個島嶼間只有狹窄的海峽相隔）。他們學會了如何建造及操縱能在海上航行的船隻，開始前往遠洋捕魚、貿易、探險。這對於人類的能力及生活型態來說，都帶來了前所未有的變革。其他能夠進到海裡的哺乳動物，都是經過長期演化、發展出專門的器官和符合流體力學的身形，才能進到海裡，例如海豹、海牛、海豚等等。然而，印尼的智人祖先就是在非洲草原上的猿人，既沒有長出鰭、也不用像鯨一樣等著鼻孔一代一代慢慢移到頭頂去，而是做出船來，並學習如何操縱。正是這些技能讓他們能夠移居澳洲。
確實，考古學家到現在還沒找到四萬五千年前的筏、槳、或是漁村；而且遠古的印尼海岸線現在深深沉在一百公尺的海面下，要尋找也十分困難。但還是有些可靠的間接證據，可支持這種理論，其中之一就是在智人移居澳洲後的數千年間，智人還殖民了澳洲北方許多獨立的小島，譬如布卡島（Buka）和馬努斯島（Manus），距離最近的陸地也有兩百公里遠。如果沒有先進的船隻、高明的航海技術，很難相信有人能夠前往馬努斯島殖民。正如第2章提到的，我們也有證據證明：當時像是在新愛爾蘭島和新不列顛島之間，有定期的海洋貿易。
新的航海技能並不只限於西南太平洋，大約在三萬五千年前，就有人類抵達日本，而在大約三萬年前，就有人抵達臺灣。對這兩個地方而言，殖民者都得越過廣大的海洋，而這在先前的幾十萬年間，都還是不可能的任務。
在歷史上，人類首次抵達澳洲絕對算是大事一件，重要性不亞於哥倫布抵達美洲、或是阿波羅十一號登上月球。這是人類第一次成功離開亞非大陸生態系，也是第一次有大型陸生哺乳動物能夠從亞非大陸抵達澳洲。更重要的是，這些人類先驅究竟在這片新世界幹了什麼好事──打從狩獵採集者首次登上澳洲海灘的那一刻，就等於宣告智人攀上了食物鏈的頂端，也從此成為地球史上最致命的物種！
在這之前，雖然人類有些創新的調整和作為，但他們對環境還沒什麼太大的影響。雖然他們能夠遷移到各種不同地點、而且成功適應當地環境，但並不會大幅改變新的棲地環境。而這些前往澳洲的移居者（其實是征服者），所做的不只是適應當地環境，而是讓整個澳洲生態系起了天翻地覆的變化。
人類首次登上澳洲沙灘，足跡隨即被海浪沖走。但等到這些入侵者進到內陸，他們留下了另一種足跡，而且再也洗刷不去。他們推進的時候，彷彿進到奇特的新世界，滿是從未見過的生物。像是有兩百公斤重、二公尺高的袋鼠 ，還有當時澳洲最大型的掠食者袋獅（marsupial lion），體型就像現代的老虎一樣大。樹上有當時大到不太可愛的無尾熊，平原上則有不會飛的鳥在奔馳，體型足足是鴕鳥的兩倍。至於在灌木叢裡，則有像惡龍般的蜥蜴和蛇，邊滑行、邊發出嘶嘶聲。森林裡則有巨大的雙門齒獸（Diprotodon）四處遊蕩，外型就像袋熊，不過體重足足有兩噸半。
除了鳥類和爬蟲類之外，澳洲當時所有的動物都是像袋鼠一樣的有袋動物，會先生下幼小、無助、就像胚胎一樣的年輕後代，再在腹部的育兒袋中哺乳照顧。有袋哺乳動物在非洲和亞洲幾乎無人知曉，但牠們在澳洲可是最高的統治階層。
但不過幾千年後，所有這些巨大的動物都已消失殆盡。在澳洲當時24種體重在50公斤以上的動物中，有23種都慘遭滅絕， 許多比較小的物種也從此消失。整個澳洲的生態系食物鏈重新洗牌，這也是澳洲生態系數百萬年來最重大的一次轉型。智人是不是罪魁禍首？
有些學者試著為人類脫罪，把這些物種滅絕的責任推給氣候變遷（常常都是靠它來頂罪）。但要說智人完全無辜，實在難以令人置信。澳洲巨型動物滅絕，有三大證據顯示氣候很難成為藉口，而指向人類難辭其咎。
第一點，雖然澳洲氣候確實在四萬五千年前有一場改變，但規模幅度並不大。光是這樣小小的氣候變遷，實在很難相信能造成如此大規模的滅絕。我們現在常常把很多事情都推給氣候，但事實是地球的氣候變遷從未停歇，每分每刻都在變化，歷史上不管哪個事件，多少都會碰上一些氣候變遷的情況。
特別是地球早就有過許多次的冷卻和暖化循環。在過去百萬年間，平均每十萬年就有一次冰河期，上一次冰河期大約是七萬五千年前到一萬五千年前，而且並不特別嚴重，兩次高峰分別在大約七萬年前和兩萬年前。然而，澳洲巨大的雙門齒獸早在一百五十多萬年前便已出現，活過了至少十次的冰河期 ，甚至連七萬年前的那次冰河期高峰也安然無恙。那麼，為什麼到了四萬五千年前就突然滅種了？當然，如果雙門齒獸是當時唯一滅絕的大型動物，可能就純粹是運氣問題。然而，當時除了雙門齒獸之外，全澳洲超過90%的巨型動物也同樣滅絕了。雖然我們只有間接證據，但是要說這麼湊巧，智人就這樣在所有巨型動物都死於嚴寒的時候，來到澳洲，實在很難令人信服。
第二點，如果是氣候變遷導致物種大滅絕，海洋生物受到的打擊通常也不亞於陸地生物。然而，我們找不到任何證據顯示在四萬五千年前，海洋生物有顯著的滅絕情形。但如果是因為人類之故，就很容易解釋為何這波滅種潮只襲捲了澳洲陸地，放過了附近的海洋。雖然人類的航海技術已經大幅提升，但畢竟主要還是生活在陸地上。
第三點，類似澳洲這種生物大滅絕的情事，在接下來的幾千年還不斷上演，時間點碰巧都是在人類又再次移居外面世界的時候。這些情況在在證明智人罪證確鑿！以紐西蘭的巨型動物為例，牠們經歷大約四萬五千年前的那場氣候變遷，幾乎未受影響 ，但等到人類一踏上紐西蘭，就遭到毀滅性的打擊。大約在八百年前，紐西蘭的第一批智人殖民者毛利人，踏上這片土地。不過幾個世紀，當地大多數巨型動物、以及六成的鳥類物種，都慘遭絕種的命運。
在北極海的弗蘭格爾島（Wrangel Island，位於西伯利亞海岸以北200公里），當地的長毛象也遭到同樣的厄運。曾有幾百萬年時間，長毛象的足跡踏遍幾乎整個北半球，但隨著智人從亞非大陸擴張到北美，牠們的棲地就不斷縮小。到了大約一萬年前，全世界幾乎再也沒有長毛象了，最後的棲地只剩下幾個偏遠的北極島嶼，其中以弗蘭格爾島最為蓬勃。長毛象在弗蘭格爾島又存活了數千年之久，直到大約四千年前突然滅絕。時間又是正值人類第一次抵達。
如果澳洲的物種滅絕只是單一事件，對於人類的無辜或許我們還能姑且信之。但翻開歷史紀錄，班班可考，智人看來就是生態的連環殺手。
最初移居澳洲的智人，手頭上只有石器時代的技術，他們究竟是怎麼搞出這場生態浩劫的？以下有三種解釋，合情合理。
第一種解釋，在於大型動物（也就是澳洲物種滅絕的主要受害者）繁殖十分緩慢。不僅懷孕期很長、每次懷胎數少，而且懷孕期之間相隔也久。因此，就算人類每幾個月才獵殺一隻雙門齒獸，也可能讓雙門齒獸的死亡數高過出生數。於是不到幾千年，就會看到最後一隻雙門齒獸孤單死去，而整個物種也就此滅絕。
而且，雖然雙門齒獸身形巨大，但要獵殺並非難事，原因就在於牠們對於人類的襲擊根本來不及防衛。各種「人屬」物種在亞非大陸上潛伏演化了兩百萬年，不斷磨練狩獵技能，而且從大約四十萬年前，便開始獵捕大型動物。不過，亞非大陸上的巨獸都已得到教訓，懂得保持距離，以策安全。所以等到最新一代的掠食者「智人」出現在亞非大陸的時候，大型動物都已經懂得要避開長相類似的人屬生物。相較之下， 澳洲的巨型動物可說完全沒有時間學會該趕快逃跑。畢竟人類看起來似乎不太危險，既沒有又長又鋒利的牙齒，也沒有特別結實或敏捷的身體。而雙門齒獸可是史上體型最大的有袋動物，所以牠第一次看到這隻長相弱不禁風的猿類，大概只會瞟上一眼，就繼續回去嚼樹葉了。對這些動物來說，需要靠演化才能學會懼怕人類，但時間根本不夠，牠們轉眼便已滅絕。
第二種解釋，認為智人抵達澳洲的時候已經掌握了火耕技術。於是，面對這樣一個陌生而危險的環境，他們會刻意燒毀難以跨越的茂密灌木叢和森林，將地貌變為開闊的草原，以吸引更容易獵捕的獵物，適合飲食男女的需求。於是，智人在短短幾千年內，就徹底改變了澳洲大部分地區的生態環境。
這種說法有植物化石紀錄做為佐證。在四萬五千年前，桉屬植物在澳洲只是少數。但等到智人來到，就開創了桉屬植物的黃金時代。因為桉屬植物特別耐火，所以在其他樹種燒得灰飛煙滅之後，就剩下它獨霸天下。這些植被變化之後，就會影響到草食性動物，進而影響肉食性動物。例如以桉屬尤加利葉為生的無尾熊，就隨著桉屬植物領域的擴張，開心的邊嚼邊進到新領地。但是大多數其他動物可就大受打擊了。澳洲有許多食物鏈就此崩潰，其中比較脆弱的環節也因而滅絕。
第三種解釋，雖然也同意狩獵和火耕有顯著影響，但強調還是不能忽視氣候因素。大約在四萬五千年前，襲擊澳洲的氣候變遷讓整個生態系失衡，變得特別脆弱。但畢竟這早有先例，所以在正常情況下，生態系應該還能慢慢適應恢復。但人類就是出現在這節骨眼上，於是將這個已經脆弱的生態系推進了無底深淵。而對於大型動物來說，氣候變遷加上人類狩獵，可說如同四面楚歌，令牠們難以抵擋。一下面對如此多重的威脅，實在很難找出真正良好的生存之道。
如果沒有進一步的證據，我們很難說究竟這三種解釋哪個更有道理。但就是有充分的理由讓我們相信，如果智人沒去到澳洲，現在我們就還能看到袋獅、雙門齒獸，還有巨型袋鼠，在這片大陸上逍遙自在。
澳洲巨型動物群的滅絕，可能正是智人足跡踏離亞非大陸之外的第一件明顯標誌。而之後在美洲又有一場更大的生態災難。在所有人類物種裡，只有智人踏上了西半球的土地，時間大概是在一萬六千年前，也就是大約西元前一萬四千年。
智人最早是步行抵達美洲的，因為當時海平面較低，在西伯利亞東北端，還有陸地與阿拉斯加的西北端相連。但這段路也沒聽起來這麼簡單，一路上艱難重重，並不比跨海抵達澳洲來得容易。在這一路上，首先得學會如何抵禦西伯利亞北部的酷寒，這裡的冬季是永夜，溫度會降到零下50度。
在這之前，從來沒有人屬的物種能夠通過西伯利亞北部這種地方。即使是較能抗寒的尼安德塔人，也還是待在南邊比較溫暖的地區。然而對智人來說，雖然他們的身體習慣的是非洲的大草原，而不是冰雪紛飛的極地，但他們卻能想出巧妙的解決辦法。智人的採集部落四處遷徙，來到較冷的地區就學會了做雪鞋，也學會用針把獸皮和獸毛層層縫緊，成為保暖衣物。他們發明了新型武器和高明的狩獵技巧，讓他們能夠追蹤、獵殺在遙遠北方的長毛象和其他大型動物。由於有了保暖衣物、狩獵技巧也有改進，智人就愈來愈勇於冒險、深入冰凍的區域。隨著他們逐漸北遷，衣物、狩獵策略和其他生存技能也不斷提升。
但他們究竟為什麼要這麼麻煩，自願把自己放逐到西伯利亞？對某些部落來說，或許是因為戰爭、人口壓力或自然災害，迫使他們北移。但向北走也不是全無好處，像是能取得動物蛋白，便是其一。北極的土地到處都是大型而肥美的動物，例如馴鹿和長毛象。每隻長毛象都能提供大量的鮮肉（而且因為當地溫度低，甚至可以冰凍，留待日後食用）、美味的脂肪、溫暖的毛皮，還有寶貴的象牙。索米爾的調查結果發現，長毛象獵人可不是在極地苟延殘喘，而是過得意氣風發、舒適愜意。
隨著時間過去，這些部落開枝散葉、不斷擴張，繼續追逐著長毛象、乳齒象、犀牛和馴鹿。大約在西元前一萬四千年，有些部落就這樣從西伯利亞東北，來到了阿拉斯加。 當然，他們並不知道自己發現了一片新世界。不論對於長毛象或對人類來說，阿拉斯加不過就是西伯利亞的自然延伸罷了。
一開始，阿拉斯加和美洲其他地區之間被冰河隔開，可能頂多只有一、兩個獨立的探險者，曾經到過更南邊的土地。但是到了西元前大約一萬兩千年，全球暖化融冰，出現了一條比較容易通過的通道。藉由這條新通道，人類大舉南遷，走向整片美洲大陸。雖然他們一開始習慣的是在極地狩獵大型獵物，但他們也迅速適應了遠為不同的多種氣候和生態系。這些來自西伯利亞的後裔，定居到現在的美國東部、密西西比河三角洲的沼澤、墨西哥沙漠，還有中美洲的熱帶叢林。有些人還到了亞馬遜河流域落地生根，也有的定居在安地斯山谷，或是阿根廷開闊的彭巴大草原。而且，這一切不過是短短一、兩千年間的事！
等到西元前一萬年，人類已經來到了美洲大陸最南端的火地群島，他們能在美洲這樣如同閃電戰一般橫行無阻，正證明了智人已有無與倫比的聰明才智和適應能力。在這之前，沒有任何其他動物能夠在基因幾乎毫無改變的情況下，這樣快速遷移到如此大不相同的環境當中。
智人來到美洲，絕非什麼善男信女，而是造成血流成河，受害者多不勝數。在一萬四千年前，美洲的動物物種遠比今天豐富。智人首次從阿拉斯加南下，來到加拿大的平原和美國西部時，除了會遇上長毛象和乳齒象，還會有像熊一樣大小的囓齒動物、一群又一群的馬和駱駝、巨型的獅子，還有其他數十種巨型動物，但現在都已全部絕跡，其中包括可怕的劍齒虎，還有重達八噸、站立起來高達六公尺的巨型地懶 （ground sloth）。至於南美還令人更加目不暇給，各種大型哺乳動物、爬蟲類和鳥類，讓人彷彿置身奇特非常的動物園。整個美洲曾經就像是演化的巨大實驗室，各種在亞非大陸上未曾得見的動植物，都在此繁衍茁壯。
可惜好景不再。智人抵達後不過兩千年的時間，大多數這些獨特的物種就全部慘遭毒手。根據目前的估計，就在這短短兩千年的時間裡，北美原本有足足47屬的各類大型哺乳動物，其中34屬已經消失；南美更是在60屬之中失去了50屬。像是劍齒虎 ，原本活躍了超過三千萬年，卻幾乎在瞬間滅絕，其他像是巨型地懶、巨型獅子、美洲的本土馬和本土駱駝、巨型囓齒動物和長毛象，也都未能倖免。另外，還有成千上萬的小型哺乳動物、爬蟲類、鳥類，甚至昆蟲和寄生蟲，也同樣慘遭滅絕（譬如長毛象絕種之後，各種長毛象蜱自然只能共赴黃泉）。
幾十年來，古生物學家和動物考古學家（研究動物遺骨的學者）在整個美洲平原和山區四處探訪，尋找遠古駱駝的骨骼化石和巨型地懶的糞便化石。每當一有發現，這些珍貴的寶物就會經過仔細包裝、送至實驗室，接下來，每一根骨骼化石、每一塊糞化石 （coprolite，沒想到這也有專有名詞吧）都會受到仔細的研究。一次又一次，這些分析都指向相同的結果：與目前年代最接近的糞球或駱駝骨骼，大概就屬於人類如洪水般襲捲美洲的那段期間，也就是大約西元前一萬兩千年到九千年。只有在唯一一個地方，科學家還能找到更晚近的糞球：在加勒比海群島的幾個島上，特別是古巴和伊斯帕尼奧拉島，年代大約是西元前五千年。這也正是人類第一次成功越過加勒比海，抵達這兩座大島的時間。
同樣的，有些學者還是試著為智人找藉口，認為這一切都是氣候變遷所造成（但他們就得好好解釋，是什麼神祕的原因，才讓整個西半球氣候暖化的時候，加勒比海群島的氣候卻能硬生生再穩定了七千年）。然而就美洲而言，這可說是鐵證如山。我們人類就是罪魁禍首，這點絕對無法迴避。就算氣候變遷也助紂為虐，但人類無疑是整起案件的主謀。
如果我們把在澳洲和美洲發生的生物大滅絕，合起來計算，再加上智人在亞非大陸擴張時造成的小規模物種滅絕（包括其他人屬物種的絕跡），還有遠古採集者來到偏遠島嶼（如古巴）帶來的物種滅絕，可能的結論只有一個：智人的第一波殖民，正是整個動物界最大、也最快速的一場生態浩劫。其中受創最深的是那些大型、毛茸茸的動物。
在認知革命發生的時候，地球上大約有200屬體重超過50公斤的大型陸生哺乳動物。而等到農業革命的時候，只剩下大約100屬。換句話說，甚至遠在人類還沒有發明輪子、文字和鐵器之前，智人就已經讓全球大約一半的大型獸類，魂歸西天、就此滅絕。
而在農業革命之後，這種生態浩劫還要經過無數次小規模的重演。在一座又一座島嶼上發掘的考古證據，都看到同一齣悲劇一再上演。在這齣劇的第一幕，舞臺上總是遍布豐富多樣的大型動物族群，並沒有任何人類的足跡。第二幕，我們看到一具人骨、一根矛頭、或是一塊陶片，告訴我們智人已來到此地。劇情很快來到第三幕，舞臺中心只剩下人類的男男女女，而多數的大型動物、以及許多小型動物，都已經黯然退場。
距離東非大陸約四百公里，有一座大島：馬達加斯加。這裡有一個著名的例子。島上的物種經過數百萬年的隔離，展現獨一無二的風貌，像是象鳥，高三公尺、重約半噸而無法飛翔，這是全球最大的鳥類，另外還有巨狐猴，這是全球最大的靈長類。但是在大約一千五百年前， 象鳥、巨狐猴、以及馬達加斯加島上多數的大型動物都突然消失，而這正是人類第一次踏上馬達加斯加的時間。
在太平洋西側，大約在西元前1500年開始了一波物種滅絕的浪潮，當時源自臺灣的玻里尼西亞農人，開始移居到所羅門群島、斐濟和新喀里多尼亞，直接或間接造成數以百計的鳥類、昆蟲、蝸牛和其他物種的滅絕。自此，這股生物滅絕的浪潮又逐漸向東、向南、向北襲捲，侵入太平洋的心臟地帶，種種特殊的動物群慘遭毒手，受害地區包括薩摩亞和東加（西元前 1200年）、馬奎薩斯群島（西元1年）、復活節島、庫克群島、夏威夷（西元500年），最後來到紐西蘭（西元1200年）。
在大西洋、印度洋、北極海和地中海星羅棋布的數千座島嶼，幾乎無一倖免，都慘遭類似的生態浩劫。甚至在最小的島嶼上，考古學家都發現曾有鳥類、昆蟲和蝸牛在那裡生活了無數世代，但在人類第一次出現後，也消失無蹤。只有極少數極度偏遠的島嶼，直到現代才被人類發現，於是島上的動物群還能完好倖存。其中一個最有名的例子就是加拉巴哥群島（Galapagos Islands），在十九世紀前仍無人居住，因而保持了獨特的動物群；他們的巨龜也像古代的雙門齒獸一樣，完全不知道要畏懼人類。
第一波的滅絕浪潮是由於採集者的擴張，接下來的第二次滅絕浪潮，則是因為農民的擴張。從這些教訓，讓我們得以從一個重要觀點來看待今日的第三波滅絕浪潮：由工業活動造成的物種滅絕。有些環保人士聲稱，我們的祖先總是和大自然和諧相處。我們可別真的這麼相信。早在工業革命之前，智人就是造成最多動植物絕種的元凶。人類可以說穩坐「生物學有史以來最致命物種」的寶座。
或許，如果有更多人瞭解了第一波和第二波物種滅絕浪潮，就不會對現在所處的第三波浪潮如此漠不關心。如果我們知道自己這個物種已經害死了多少物種，或許就會更積極保護那些現在還倖存的物種。這一點對於海洋中的大型生物來說，更是重要。與陸地的大型動物相較，大型海洋生物受到認知革命和農業革命的影響相對較小。然而，由於工業汙染和過度濫用海洋資源，許多大型海洋生物已經瀕臨滅絕。局勢再這樣發展下去，很快鯨、鯊、鮪魚和海豚也會走上和雙門齒獸、地懶、長毛象一樣滅絕的道路。對全世界所有大型動物來說，這場人類洪水的唯一倖存者，可能只剩下人類自己，還有其他登上諾亞方舟、但只做為你我盤中佳餚的家禽家畜。