大約在一百三十五億年前，經過所謂的大霹靂 （Big Bang）之後，宇宙的物質、能量、時間、空間，才應運而生。宇宙的這些基本特徵，就成了「物理學」。
在這之後過了大約三十萬年，物質和能量開始形成複雜的結構，稱為原子 ，然後進一步構成分子 。至於這些原子和分子的故事、以及它們如何交互作用，就成了「化學」。
大約三十八億年前，在這顆叫做地球的行星上，有些分子結合起來、形成一種特別龐大而又精細的結構，稱為生物 。生物的故事，就成了「生物學」。
到了大約七萬年前，一些屬於智人 （Homo sapiens）這一物種的生物，開始創造出更複雜的架構，稱為文化 。而這些人類文化繼續發展，就成了「歷史學」。
在人類大歷史的路上，有三大重要革命：大約七萬年前， 認知革命 （Cognitive Revolution）讓我們所謂的歷史正式啟動。大約一萬兩千年前， 農業革命 （Agricultural Revolution）讓歷史加速發展。到了大約不過是五百年前， 科學革命 （Scientific Revolution）可以說是讓過往的歷史告一段落，而另創新局。這本書的內容，就是在描述這三大革命如何改變了人類和周遭的生物。
事實上，人類早在史前就已存在：早在兩百五十萬年前，就已經出現了非常類似現代人類的動物。然而，即使經過世世代代的繁衍，他們與共享棲地的其他生物相比，也沒什麼特別突出之處。
如果到兩百萬年前的東非逛一逛，你很可能會看到一群很像人類的生物：有些媽媽一邊哄著小嬰兒、一邊還得將玩瘋的小孩抓回來，忙得團團轉；有些年輕人對社會上種種規範氣憤不滿，也有些垂垂老矣的老人家只想圖個清靜；有肌肉猛男搥著自己的胸膛、只希望旁邊的美女能夠垂青；也有年長充滿智慧的大家長，對這一切早就習以為常。這些遠古時期的人類已懂得愛和玩樂，能夠產生親密的友誼，也會爭地位、奪權力。
不過，這些天性和黑猩猩、狒狒、大象也沒什麼不同。這些遠古人類，和一般動物比起來就是沒什麼特別。 他們萬萬沒有想到，他們的後代有某一天竟能在月亮上漫步、分裂原子、瞭解遺傳密碼，還能寫寫歷史書。說到史前人類最重要的一件事，就是他們在當時根本無足掛齒，對環境的影響也不見得比大猩猩、螢火蟲或是水母來得多 。
生物學家把所有生物劃分成不同的物種 （species，簡稱種 ）。而所謂屬於同一物種，就是牠們會彼此交配、能夠產出有生殖力的下一代。例如馬和驢，雖然有共同的祖先、也有許多類似的身體特徵，也能夠互相交配，但牠們彼此卻是性趣缺缺 ，就算刻意讓牠們交配，產出的下一代會是騾，而不具有生育能力。因此，驢的DNA突變就不可能會傳給馬這個物種，馬的也不會傳給驢。於是我們認定馬和驢屬於兩個不同的物種，各有各自的演化路徑。相較之下，雖然鬥牛犬和西班牙獵犬看來天差地遠，卻屬於同一物種、有一樣的基因池。牠們很願意互相交配，而且牠們的小犬長大後，也能再和其他狗交配、子孫滿堂。
從同一祖先演化而來的不同物種，會屬於同一個屬 （genus）。例如獅子、老虎、豹和美洲豹，雖然是不同物種，但都是「豹屬」（Panthera）。生物學家用拉丁文為生物命名，每個名字由兩個字組成，第一個字是屬名、第二個字則是種名。例如獅子就稱為Panthera leo，指的是豹屬（Panthera）的獅種（leo）。而只要沒有意外，每一位在讀這本書的讀者，應該都是一個Homo sapiens：人屬（Homo，指「人」）的人種（sapiens，指「明智」）。
許多屬還能再歸類為同一科 （family），例如貓科動物（獅子、獵豹、家貓）、犬科（狼、狐狸、豺）、象科（大象、長毛象、乳齒象）。同一科的所有成員，都能追溯到某個最早的雄性或雌性祖先。例如所有的貓科動物，不管是家裡喵喵叫的小貓或是草原上吼聲震天的獅子，都是來自大約兩千五百萬年前的某一頭祖先。
至於智人，也是屬於某個科。雖然這件事看起來再平凡不過，卻曾經是整個歷史上最大的祕密。智人一直希望自己和其他動物有所不同，彷彿整個科就只有自己存在，沒有兄弟姊妹、沒有遠近親戚，而且最重要的是：沒有父母。但可惜這絕非事實。不論你是否接受，我們所屬的人科不僅成員眾多、而且還特別吵鬧──就是一堆大猿。與我們最相近的親戚，就是黑猩猩、大猩猩和紅毛猩猩。其中，黑猩猩與我們最為接近。不過就在六百萬年前，有一頭母猿產下兩個女兒，一個成了所有黑猩猩的祖先，另一個則成了所有人類的祖奶奶。
智人還有另一個更見不得光的祕密。我們有許多堂表兄弟姊妹，而且沒什麼文明。但這還事小，我們其實還曾經有很多更相近的兄弟姊妹。
人類（human）已經習慣以為自己是唯一的「人」，是因為在過去一萬年間，「人種」確實只剩下智人一種。然而，human一詞真正的意思是「屬於人屬的動物」，而在過去，這可不只有智人而已。此外，我們在最後一章也會提到，不久之後，很可能我們又得再和一些不屬於智人的人類開始競爭。為避免混淆，以下講到智人，講的就是Homo sapiens這個物種的成員，而講到人類，講的則是Homo（人屬）的所有現存成員。
最早的人類是從大約兩百五十萬年前的東非開始演化的──祖先是一種更早的猿屬： 南猿 （Australopithecus）。大約兩百萬年前，東非的這些遠古人類有一部分離開了家園而踏上旅程，足跡遍及北非、歐洲和亞洲的廣大地帶。 北歐的森林白雪皚皚、印尼的熱帶叢林溼氣蒸騰，想活命顯然需要不同的特徵，因此人類也開始朝著不同方向演化。於是人類發展出幾個不同的物種，而科學家也為每一種都取了華麗的拉丁名稱。
在歐洲和西亞的人類，成了Homo neanderthalensis，意為「來自尼安德谷（Neander Valley）的人」，一般簡稱為尼安德塔人 。比起我們這種智人，尼安德塔人更為魁梧、肌肉也更發達，非常適應西方的歐亞大陸在冰河期的寒冷氣候。
至於在亞洲的東邊，住的則是直立人 （Homo erectus），一共存續了將近兩百萬年，是目前所知存續最久的人種，而我們智人似乎也很難打破這項紀錄。光是一千年後還會不會有智人存在，現在看來都令人十分懷疑，所以和兩百萬年比起來， 我們真的是小巫見大巫。
至於在印尼的爪哇島，則住著梭羅人 （Homo soloensis），拉丁文意為「來自梭羅谷的人」，這種人很能適應熱帶的生活環境。同樣在印尼，還有另一個小島弗洛瑞斯（Flores），這裡住的遠古人類則是經歷了一場侏儒化的過程。曾有一段時間，由於海水的水位格外低，於是人類初次抵達了弗洛瑞斯，然後就絡繹不絕，當時島上和大陸的交通往來十分便利。但是後來海水再次上漲，有些人就給困在島上，物資十分缺乏。那些長得高頭大馬的人，需要的食物也多，於是最早在島上餓死；長得矮反而成了生存優勢。經過幾代之後，在弗洛瑞斯的人都成了小矮人。
科學家把這種獨特人種稱為弗洛瑞斯人 （Homo floresiensis），身高最高不過一公尺、體重最重也不過二十五公斤。然而，他們仍然懂得如何製造石器，甚至偶爾還能在島上獵象。不過倒也公平，在這島上的象也是一種矮生種。
2010年，科學家在西伯利亞的丹尼索瓦（Denisova）洞穴中，發現了一支已經變成化石的手指骨，為人類的大家族又添一種成員。手指骨的基因分析證實這個人種過去並不為人知，現在則命名為丹尼索瓦人 （Homo denisova）。
全球還有太多洞穴、島嶼、以及不同的氣候條件，天曉得還有多少我們失落的親戚，正等著我們去發現。
這幾個人種在歐洲和亞洲不斷演化的同時，其他在東非的人種演化也沒有停止，這個人類的搖籃繼續養育著許多新人種，例如： 魯道夫人 （Homo rudolfensis，「來自魯道夫湖的人」）、 匠人 （Homo ergaster，「使用工具的人」），還有我們自己這種人種，而我們也頗為厚顏的，把自己命名為智人 ，「明智的人」。
在這些人種當中，有些高大、有些矮小，有些會凶殘的獵捕、有些只是溫和採集著食物，有些只住在某個小島上 ，而大多數是在整個大陸上遷徙；但不論如何，他們都是「人屬」，也都是人類。
有一種常見的錯誤，認為這些人種是呈線性發展，從匠人變成直立人，從直立人再變成尼安德塔人，而尼安德塔人再變成我們。這種線性模型誤以為地球在某個時間點上只會有單一人種，而其他更早的人種不過就是我們的祖先。
但事實是，從大約兩百萬年前到大約一萬年前為止，整個世界其實同時存在多種不同的人種。這其實也十分合理。就像今天，地球上還是有許多種的狐狸、熊、或是豬，而在幾十萬年前的地球上， 至少就有六種不同的人。從整個歷史來看，過去多種人種共存其實是常態，現在地球上只有「一種人」，這才是異常。
以下的章節很快就會提到，對於我們智人來說，不願想起這些過去的手足親情，背後其來有自。
雖然人種之間有諸多不同，但還是有幾項共同的人類特徵。其中最重要的一點，就是人類的大腦明顯大於其他動物。對於60公斤重的哺乳類來說，平均腦容量是200立方公分。但是早在兩百五十萬年前、最早期的男男女女，腦容量就已經有600立方公分了，至於現代的智人，平均腦容量更高達1,200至1,400立方公分。而尼安德塔人，其實腦容量還更大。
這樣看來似乎再清楚也不過，物競天擇 （natural selection）就該讓腦袋愈來愈大才是。 人類深深迷戀自己的高智能，一心認為天擇當然是偏好腦袋愈大、智力愈高的演化方向。但如果真是如此，貓科動物也經過演化，為什麼沒有出現會算微積分的貓？究竟為什麼，在整個動物界，只有人屬演化出了比例如此龐大的思考器官？
答案在於：龐大的大腦也是龐大的負擔。大腦結構脆弱，原本就不利於活動，更別說還得用個巨大的頭骨把它裝起來。而且大腦消耗的能量驚人。對智人來說，大腦只占身體總重約2%至3%，但是在身體休息而不活動時，大腦的能量消耗卻占了25%。相比之下，其他猿類的大腦在休息時的能量消耗，大約只占8%。
由於人腦較大，遠古人類付出的代價有兩種：首先是得花更多時間尋找食物，其次是肌肉退化萎縮。這就像是政府把國防預算轉撥給了教育，人類也把手臂二頭肌所需的能量撥給了大腦裡的神經元。對於在非洲草原上，這究竟是不是好策略，事先只能說無人能知。雖然黑猩猩要講道理絕對講不贏智人，但牠卻能直接把智人像個布娃娃一樣扯個稀爛。
時至今日，人類大腦帶來的好處顯而易見，我們能製造出汽車和槍炮，讓我們的移動速率遠高於黑猩猩，而且從遠方就能將黑猩猩一槍斃命，無須和牠摔跤硬拚。只不過，汽車和槍炮是最近才有的事。在超過兩百萬年間，雖然人類的神經元網路不斷增長，但除了能用燧石做出一些刀具、能把樹枝削尖變成武器，人類的大腦實在沒什麼特殊表現。那麼，究竟是為什麼，驅使人類的大腦在這兩百萬年間不斷這樣演化？坦白說，我們也還不知道。
人類另一項獨有的特點，在於我們用兩條腿直立行走。能夠站起來，就更容易掃視整片草原，看看哪裡有獵物或敵人，而且既然手不需負責移動身體，就能發揮其他用途，像是丟石塊、或是打信號。手能做的事情愈多，可以說人就變得愈厲害；於是人的演化也就愈來愈著重在神經發展，也不斷對手掌和手指的肌肉做修正。於是乎，人類的手開始能夠處理非常精細的任務，特別是能夠製造、使用複雜的工具。最早有證據證明人類開始製作石器工具，大約可追溯到兩百五十萬年前；而且工具的製作和使用，也正是考古學家判斷遠古化石是猿人還是人猿的標準。
然而，直立行走也有不利的一面。原本，我們的靈長類祖先歷經數百萬年，才發展出以四肢行走、頭部相對較小的骨架，而要將這種骨架調整成直立，可說是一大挑戰，而且還得撐住一個超大的顱骨，更是難上加難。於是，為了要能望遠、要能有靈活的雙手，現在人類只得面對背痛、頸脖僵硬的苦惱代價。
這點對婦女來說，造成的負擔又更大。直立的步行方式需要讓臀部變窄，於是產道寬度受限，而且別忘了嬰兒的頭還愈來愈大。於是，分娩時的死亡成了人類女性的一大風險。而如果早點生產，嬰兒的大腦和頭部都還比較小，也比較柔軟，這位母親就更有機會度過難關，未來也可能再生下更多孩子。於是，天擇就讓生產開始提前。與其他動物相較，人類可說都是早產兒，許多重要器官的發育都還不夠完善。看看小馬，出生沒多久就能開始小跑步；小貓出生不過幾週，也就能離開母貓自行覓食。相較之下，人類的嬰兒只能說沒用得很，許多年間都得當個啃老族，來取得受撫養、受保護和受教育的福利。
人類之所以會有如此突出的社交技巧（以及人類獨有的社會問題），有一大原因也正出自於此。獨自一人的母親，如果還得拖著孩子，就很難為自己和小孩取得足夠的食物。所以，想養孩子，就需要其他家族成員和鄰居持續提供協助。要養活一個人，得靠全部落共同的努力。於是，演化也就偏好能夠形成強大社會關係的種族。此外，由於人類出生的時候尚未發育完全，比起其他動物，也就更能夠用教育和社會化的方式加以改變。
大多數哺乳動物脫離子宮的時候，就像是已經上釉的陶器出了窯，如果還想再做什麼調整， 不是刮傷、就是碎裂。然而，人類脫離子宮的時候，卻像是從爐裡拿出了一團剛熔化的玻璃，可以旋轉、拉長，可塑性高到令人嘆為觀止。正因如此，才會有人是基督徒或佛教徒、有人是資本主義奉行者或社會主義者，又或有人好鬥好戰、有人愛好和平。
我們以為，能有比較大的大腦、會使用工具、有超凡的學習能力、還有複雜的社會結構，都可說是人類巨大的優勢。而且似乎不證自明，正是這些優勢使人類成為地球上最強大的動物。然而，其實人類早就具有這些優勢，但是在整整兩百萬年期間，人類一直就只是一種弱小的邊緣生物。大約在一百萬年前，雖然人類已經擁有了容量較大的大腦和鋒利的石器，卻還是得一直擔心食肉動物的威脅，他們很少獵殺大型獵物，維生主要靠的就是採集植物、挖尋昆蟲、追殺小動物，還有跟在更強大的食肉動物後面，啃吃些剩下的腐肉。
早期石器最常見的一種用途，就是把骨頭敲開，才能吃到裡面的骨髓。有些研究人員認為，這正是人類最原始的專長。就像是啄木鳥的專長是從樹幹裡啄出昆蟲，最早的人類專長就是從骨骼裡取出骨髓。
骨髓有什麼特別的？假設我們現在看著一群獅子大口吃著一隻長頸鹿。我們只能耐心等著，等牠們吃飽再說。但還別急，就算獅子吃完了，旁邊還有鬣狗和豺在等著，而且牠們也不是好惹的；於是牠們又把剩下的肉再吃乾抹淨。最後才輪到我們這群原始人，我們走近長頸鹿的屍體，左看看右瞧瞧，最後只能想辦法去挖出唯一還能吃的組織。
這一點對於瞭解人類歷史和心理學至關緊要。長久以來，智人一直只是穩定位於食物鏈的中間位置，直到最近才有改變 。在先前長達數百萬年期間，人類會獵殺小動物、採集種種能得到的食物，但同時也會遭到較大型食肉動物獵殺。一直要到四十萬年前，有幾種人種才具備實力，開始固定追捕大型獵物，而要到十萬年前智人崛起，人類才一躍而居於食物鏈頂端。
這場從中段到頂端的大躍遷，造成的影響翻天覆地。
其他在金字塔頂端的動物，例如獅子、鯊魚，得要花上好幾百萬年的時間，才終於透過演化站上頂峰。因此生態系有足夠的時間發展出種種制衡，避免獅子和鯊魚造成太大的破壞：隨著獅子愈來愈強壯，演化也讓瞪羚愈跑愈快、鬣狗愈來愈懂合作、犀牛脾氣愈來愈差。
相較之下，人類轉眼就登上頂峰，不僅讓生態系猝不及防，就連人類自己也不知所措。在過去，居於食物鏈頂端的食肉動物總是威風凜凜、霸氣十足，數百萬年的統治，讓牠們充滿自信。但相比之下，智人就像是香蕉共和國的獨裁者。我們在不久之前，還是大草原上的小可憐，整天充滿恐懼和焦慮；一朝躍居上位，不免倍加殘酷和危險。人類歷史上眾多的災難，不論是生靈塗炭的戰亂、或是生態遭逢的浩劫，其實都是源自於這場過於倉促的地位躍遷。
在踏上食物鏈頂端的路上，知道用火，可說是邁出了一大步。早在大約八十萬年前，就已經有部分人種偶爾會使用火，而到了大約三十萬年前，對直立人、尼安德塔人、以及智人的祖先來說，用火已是家常便飯。到了這個時候，人類不僅用火當作可靠的光源和熱源，還可以用這項致命的武器，與不懷好意的獅子一較高低。不久之後，人類甚至還刻意引火焚燒周遭的環境。只要悉心控制火勢，就能讓原本難以通行、不具利益的叢林，轉變成大片美好的原野，而且滿是獵物。此外，等到火勢停歇，這些石器時代的創業者走到還在冒煙的餘燼當中，就能得到烤得香酥美味的動物、堅果和塊莖。
然而，火帶來的最大好處在於能夠烹飪。有些食物，處於自然形態的時候，無法為人類所消化吸收，像是小麥、水稻、馬鈴薯，但正因有了烹飪技術，就成了我們的主食。火不只會讓食物起化學變化，還會起生物上的變化：經過烹調，就能殺死食物上的病菌和寄生蟲。此外 ，對人類來說，就算吃的還是以往的食物（例如水果、堅果、昆蟲和動物屍體），所需要的咀嚼和消化時間也能大幅縮減。例如，黑猩猩要咀嚼生肉，每天得花上五小時，但人類吃的是熟食，每天花上一小時就夠了。
烹調讓人類有更多能吃的食物種類，減少所需的進食時間，還能縮小牙齒、減少腸的長度。有學者認為，烹調技術的發明，與人體腸道縮短、大腦開始發育，有直接關係。不論是較長的腸道、或是較大的大腦，都必須消耗大量的能量，因此很難兼而有之。 而既然有了烹調，人就能縮短腸道、降低能量消耗，於是可說是在不經意間，烹調就讓尼安德塔人與智人走上了讓大腦更大的道路。
此外，用火也讓人與其他動物之間，首次有了明顯的不同。對幾乎所有動物來說，牠們的力量靠的都是自己的身體，像是肌肉的力量、牙齒的大小、翅膀的寬度。雖然動物能利用風和海流，卻無法控制這些自然界的力量，而且也無法突破先天上的身體限制。例如老鷹能夠找出由地面上升的熱氣流，只要展開巨大的翅膀，熱空氣就會帶著牠們自然上升。然而，老鷹並無法控制熱氣流的位置，而且荷重能力幾乎完全得看翼寬來決定。
但人類用火的時候，可說是控制了一項既聽話、又有無窮力量的工具。不像老鷹只能被動使用氣流，人類可以選擇要在什麼地點、什麼時間放出一把火來，而且火的用途各式各樣、不一而足。最重要的是，火的能量並不會受到人類身體的構造或力氣所限。就算是柔弱的女子，只要有一塊燧石能敲出火花，或是有一根點火棍能夠摩擦起火，就能在幾個小時內毀掉整片森林。
懂得用火之後，人類有許多發展，已經行將水到渠成了。
雖然用火帶來許多優勢，不過在十五萬年前，人類仍然是邊緣生物。這時的人類能夠把獅子嚇走、能在寒冷的夜晚生火取暖，偶爾還能把森林給燒了。但就算把所有人種全部加在一起，從東南亞的印尼群島、到歐洲西南角的伊比利亞半島，所有的人數加起來仍然不足百萬，這對於整體生態來說，根本微不足道。
這個時候，我們這個物種（智人）已經出現在世界舞臺上，但不過就是自顧自的待在非洲的一個小角落。我們還無法得知智人是在何時、由何種早期人類演化而來，但科學家多半都同意，大約到了十五萬年前，東非就已經有了智人，外貌和我們幾乎一模一樣。如果現代的停屍間裡突然出現一具智人的屍體，驗屍官根本不會發現有什麼不同。 在有了火之後，他們的牙齒和頜骨比祖先小，而大腦的容量又較大，與我們現在相當。
科學家也同意，大約在七萬年前，智人已經從東非擴張到阿拉伯半島，並且很快席捲整個歐亞大陸。
智人來到阿拉伯半島的時候，歐亞大陸多半都已經住著其他的人種。那麼，這些其他人種後來怎麼了？關於這點，有兩種完全不同的理論。第一種是混種繁衍理論 （interbreeding theory），講的是不同人種一見鍾情、兩情相悅、三生有幸、互相交融。
混種繁衍理論認為，智人從非洲遷移到世界各地，與其他人種混種繁衍，而形成今天的人類。例如，智人抵達中東和歐洲的時候，就會遇上尼安德塔人。這些尼安德塔人的肌肉更發達、腦容量更大、也更能適應寒冷的氣候。他們會用工具、已知用火、打獵技巧高明，而且還有鐵證，證明他們會照顧病人和弱者（考古學家從尼安德塔人的遺骸發現，有些人有嚴重的身體殘疾，但活了相當大的歲數，可見有親屬提供照料）。許多漫畫都把尼安德塔人描繪成愚笨又粗魯的「穴居人」， 但近來的證據證明並非如此。
根據混種繁衍理論，智人來到尼安德塔人的地盤時，兩個人種開始互通、繁衍，直到合而為一。但如果真是如此，今天的歐亞人就不該是純種智人，而是智人和尼安德塔人的混血兒。同樣的，在智人抵達東亞的時候，也會和當地的直立人混血繁衍，因此今天的中國人和韓國人也該是智人與直立人的混血兒。
另一種完全相反的觀點，稱為替代理論 （replacement theory），講的是雙方水火不容、互有反感、甚至是種族滅殺。根據這一理論，智人與其他人種的生理結構還是有所不同，不僅交配習性難以相合，甚至連體味都天差地別。所以，想要天雷勾動地火，簡直是天方夜譚。而且，就算有一個尼安德塔人的羅密歐、配上了智人的茱麗葉，但因為兩個人種在基因上相去太遠，也無法產下可繁衍的後代。於是，這兩個人種還是涇渭分明。而等到尼安德塔人不管是自然滅絕、或是遭到屠殺，他們的基因也同樣灰飛煙滅。
就這種觀點看來，智人所做的，就是取代了所有先前的人種，而不是和他們混種繁衍。如果真是如此，現今所有的人類只要追本溯源，都該能夠一路追到七萬年前的東非，都是「純種」的智人。
這兩種理論何者正確，會對後面的推論造成極大影響。從演化的角度來看，七萬年其實一點也不長。如果替代理論正確，也就是說，所有現代人類的基因池大致相同，現在我們看到的各種種族差異就小到無足掛齒。然而，如果混種繁衍理論正確，那麼可能在數百萬年前，就已經種下了現代非洲人、歐洲人和亞洲人之間的基因差異。這點可以說是政治上一觸即發的火藥，可能發展出爆炸性的種族理論。
最近數十年來，替代理論一直是這個領域的大致共識，這項理論不只背後的考古證據更可靠，也更為政治正確──如果說現代人類族群各有明顯的基因差異，幾乎可說就是打開了種族主義的潘朵拉盒子，而科學家可沒這打算。
然而，有一項為尼安德塔人基因組定序的研究結果在2010年底發表，卻掀起了一片驚濤駭浪。遺傳學家終於從化石裡蒐集到足夠的尼安德塔人DNA，能夠和現代人類的DNA全面比較，而結果令科學界一陣嘩然。
原來，就現代中東和歐洲的人類而言，擁有1%到4%的尼安德塔人DNA。雖然這百分比並不高，但意義卻很重大。幾個月之後，從西伯利亞的丹尼索瓦人的手指化石中，取得DNA、完成定序，結果又投下了第二顆震撼彈：結果證明，居住在大洋洲的現代美拉尼西亞人及澳洲原住民，最高擁有6%的丹尼索瓦人DNA。
如果這些結果屬實（請注意，目前後續研究都仍在進行，可能進一步證實、但也可能修改目前的結論），就證明混種繁衍理論至少有部分正確。但這也不是說替代理論完全錯誤。畢竟，尼安德塔人和丹尼索瓦人的基因，仍然只占了現代人基因組的一小部分，要說智人真的和其他人種有「混種」的情形，也是言過其實。雖然這些人種之間的差異，沒有大到完全阻絕了繁衍後代的可能，但已經足以讓他們彼此興趣缺缺，罕有往來。
這麼說來，智人、尼安德塔人和丹尼索瓦人在生物學上的親緣關係，究竟該如何解釋？顯然，他們並不是像馬和驢一樣完全不同的物種，但他們也不像鬥牛犬和西班牙獵犬是同一物種的不同族群。畢竟，現實的生物界限並不是非黑即白，而是有重要的灰色地帶。只要是由共同的祖先演化出的物種（例如馬和驢），都曾有某段時間就是同一物種的不同族群，像是鬥牛犬和西班牙獵犬。而必然有某個時點，雖然這兩個族群的差異已達到一定程度，但仍然能夠交配，產下有生育能力的後代。接著，經過又一次突變，才終於切斷了最後的連結，於是從此真正成為兩種全然不同的物種。
現在看來，大約五萬年前，智人、尼安德塔人與丹尼索瓦人正是站在那個臨界點上。當時的他們幾乎、但還不完全是各自獨立的物種 。我們將在下一章看到，智人與尼安德塔人和丹尼索瓦人不僅在基因序和身體特徵方面已大為不同，甚至在認知能力和社會能力方面也相去甚遠。然而，看來還是有那麼極少數的情形，讓智人與尼安德塔人產下了有生育能力的後代。所以這麼說來，這兩種族群並沒有混種的情形，而是有少數幸運的尼安德塔人基因搭上了這班智人特快車的順風車。
但想想，在歷史上曾經有過這麼一段時間，我們智人居然可以跟另一種不同物種的動物交配，還能生小孩，實在叫人感到有點不安、 或是毛骨悚然。
然而，如果尼安德塔人、丹尼索瓦人和其他人類物種並沒有與智人混種，那他們究竟去了哪？
有一種可能，就是被智人給逼上絕路了。想像一下，有某個智人的部落來到巴爾幹半島的某個山谷，這裡數十萬年以來，都是尼安德塔人的家園。新來的智人開始獵鹿，而尼安德塔人傳統上都是靠著採集堅果和漿果為生。正如我們在下一章將會提到的，由於智人的技術進步、社交技巧高，在狩獵和採集上也都更為熟練，於是族群迅速成長茁壯。相形之下，尼安德塔人就顯得左支右絀，發現生活愈來愈困苦，連餬口都難上加難。於是，他們的人口數逐漸下滑，逐步走向滅絕；而或許極少數的例外，就是有一兩個尼安德塔人最後也加入了智人族群，成為智人部落的一員。
還有另一種可能，認為資源競爭愈演愈烈，最後爆發了暴力衝突，導致種族滅絕。畢竟，寬容可不是智人的特色。即使到了現代，不過是因為膚色、方言、宗教等等微小的差異，就足以讓智人彼此大動干戈，非要把對方趕盡殺絕。而遠古的智人面對的可是完全不同的人類物種，又豈能期待他們更加寬容？很有可能，當智人碰上尼安德塔人的時候，就發生了史上第一次、也是最嚴重的一次種族淨化運動。
尼安德塔人（和其他人類物種）究竟發生了什麼事？這足以引發許多歷史上的想像。如果除了智人之外，尼安德塔人或丹尼索瓦人也同樣存活了下來，這世界會是什麼模樣？如果世界上同時有好幾個不同的人類物種，我們會有什麼樣的文化、社會和政治結構？
舉例來說，宗教信仰會是什麼樣子？《聖經》會不會說尼安德塔人也和智人一樣有靈魂？ 耶穌犧牲自己，會不會是為了要洗淨丹尼索瓦人的罪？《古蘭經》會不會對所有人類物種一視同仁，都為他們在天堂預留位置？孔子會不會說，我們對尼安德塔人和丹尼索瓦人也要己所不欲、勿施於人？尼安德塔人會不會在羅馬軍團中服役，又會不會也服侍著中國龐大的帝國王朝？〈美國獨立宣言〉所揭櫫而堅信的「人生而自由平等」，指的會不會是所有「人屬」的物種？馬克思會不會呼籲，所有人類物種的工人都該團結起來？
在過去一萬年間，智人已經太習慣自己是唯一的人類物種，很難接受其他可能性。對智人來說，沒有其他同屬人類的物種，就很容易讓人自以為是造物的極致，以為自己和其他整個動物界彷彿隔著一條護城河。於是，等到達爾文提出智人也不過是另一種動物的時候，有些人就大發雷霆。即使到現在，也還是有許多人不願這麼相信。
如果尼安德塔人尚未滅絕，我們真的還會以為自己是獨一無二的生物，與其他動物都不同嗎？
很有可能對智人來說，雖然尼安德塔人和自己相似到不足一提，但也相異到無法忍受。或許正是基於「非我族類，其心必異」的念頭，我們的祖先才決定將尼安德塔人趕盡殺絕。
不論究竟智人是否是罪魁禍首，但每當他們抵達一個新地點，當地的原生人類族群很快就會滅絕。梭羅人最後的遺跡，大約是五萬年前。丹尼索瓦人在那之後不久，也絕跡了。至於尼安德塔人，是在大約三萬年前退出了世界舞臺。而到了一萬兩千年前，像小矮人般的人類也從弗洛瑞斯島上永遠消失。
他們只留下了一些骨頭、石器、少許還存在我們DNA裡的基因，以及許多懸而未解的謎團。他們的離去，也讓我們智人成了人類僅存的物種。
究竟智人勝出的祕訣為何？為什麼我們能如此迅速抵達各個遙遠而生態各異的棲地，而且落地生根？我們是怎麼將其他人類物種趕出世界舞臺？為什麼就連身強力壯、腦部發達、不怕寒冷的尼安德塔人，也無法擋住智人的屠殺？相關的爭辯必然會繼續。而目前最可能的解答，正是讓人得以辯論的原因，就是：智人之所以能征服世界，是因為有獨特的語言。